在我国新医改五项改革任务中，公立医院改革是最重要也是最艰巨的。由于公立医院目前占了我国所有医院数目的70%，其病床数目更是高占全国医院病床总数的近90%，因此如果公立医院改革不能取得实质性的进展，那么整个医改也将难于取得实质性的突破，医疗卫生体制存在的各种问题和老百姓抱怨的各种难题，也无法得到根本解决。
　　在国家新医改方案和公立医院改革的实施文件中，都提出了公立医院改革的基本方向和任务，包括强化区域卫生规划，改革公立医院管理体制，改革公立医院补偿机制，改革公立医院运行机制，健全公立医院监管机制，以及形成多元化办医格局。公立医院管理体制改革是公立医院改革诸项任务中最重要的内容，具体包括，探索政事分开、管办分开的有效形式，建立协调、统一、高效的公立医院管理体制，科学界定公立医院所有者和管理者的责权，探索建立医院法人治理结构，推进医院院长职业化、专业化建设。
　　在公立医院改革上，新医改方案的基本精神就是要调整政府职能，加强政府对于公立医院的宏观监管职能，将政府作为公立医院所有者的职能与具体管理医院的微观管理职能分离开来；通过调整政府与公立医院的关系，使得医院能够集中进行微观管理、提高运营效率和服务质量。此外，还要增加民营医疗服务的力量，缩小公立医疗服务的份额。从这个意义上说，政府主要起监管职能，退出直接办理医疗服务，这是增强政府的监管力量。然而，从加强医院服务自主经营管理能力、提高民营成分的角度来看，这同时也是增强市场的力量。因此，政府和市场力量的加强两者并不矛盾，而是分工侧重点不同。两者在此是一种相辅相成的关系，而不是一种此消彼长的关系。
　　然而，从最近的种种迹象来看，似乎有种种避重就轻、甚至与医改方案逆流而动的思潮和举动。公立医院改革首先在16个试点城市开始，继而向更多城市展开。然而，从试点城市改革推进的进程来看，在与公立医院改革直接有关的一些体制和制度改革上并没有明显突破，如公立医院治理结构改革、人事制度改革、补偿机制改革、政府监管功能改革等，我们看到的只是一些比较外围性的改革，如医疗服务集团化、全科医生培养、住院医生制度、医疗信息化等。
　　有人最近又提出将公立医院改革的重点转向县级医院，认为县医院是公立医院改革的突破口。县医院确实是我国广大农村地区基本医疗服务的重要阵地，县医院改革对于提高广大农村地区的医疗服务水平和质量具有重要意义。从医院数目来看,县医院占我国整个医院总数的约30%,从病床数看占大约1/4(24%)。从医院的诊疗人次看,县医院占全国比重大约为20%，入院人数大约占30%。因此从县医院所占的医疗资源比重和承担的医疗服务量来看，还是据有举足轻重的地位。
　　然而，目前我国县医院的医疗服务技术水平和层次不高，缺乏高级医疗技术人才和先进的医疗设备，主要承担大量常见病和多发病的治疗，患有比较重大疾病的病人都往大城市三级医院跑。目前我国医疗卫生体制中种种问题的焦点、老百姓抱怨的看病贵看病难问题，都集中在大城市三级医院中。县医院与大城市三级医院完全是两个层次的医疗服务，县医院改革无法对大城市中的大医院产生任何重要影响和示范作用。即使我们解决了县医院的改革问题，公立医院和整个医疗服务体制中存在的严重问题仍然无法得到解决。相反，时间拖延使得问题的积累更加积重难返，而且人们对医改本身会失去信心。因此，县级医院改革不可能成为我国公立医院改革的主战场，大城市中的三级医院才是公立医院改革的主要堡垒。县医院改革并不具有类似我国解放战争和经济改革的“农村包围城市”作用。将公立医院改革的突破口转向县医院，难免不被看作是一种回避实质性改革的做法。
　　与此同时，我们还听到一种主张，认为政府不仅应当购买医疗服务，更应当直接办医疗服务，认为政府直接办理公立医院恰恰是我国制度的优越性；而且还认为政府应当同时在医疗费用筹资和办服务两方面下手，并且认为这是一种国际趋势。事实上，国际医改的趋势恰恰是，政府在医疗费用筹资方面的作用增强，有助于一个国家全民医保的实现；而在医疗卫生服务的领域内，政府在直接提供服务上的作用不断下降，这种下降一方面表现在政府退出直接进行医疗服务行业的微观管理，实行管办分离，集中精力抓好医疗卫生行业的宏观监管；另一方面，表现在所有制成分的变化上，即国有医疗服务机构减少，民营医疗服务比重增长。
　　即使在英国这个公立医疗服务占压倒优势的国家，政府直接提供医疗服务的下降也是近二十几年来的医改大趋势，而且这种趋势最近又有了进一步发展。英国二十年来的医改，主要目标就是将医疗服务的需求方和供给方分离，人为地制造一个医疗服务市场。具体就是将公立医院从政府卫生部门的直接领导下分离出来，变成独立经营的实体和独立法人机构。英国政府最近又提出了新的医改草案，要在医疗经费的支付方面推进管办分离，将医疗经费直接交给家庭全科医生来掌握，由他们代表病人购买医疗服务，不再由政府行政部门直接控制。
　　在许多实行全民医保的国家里，尽管政府在医疗费用筹资上发挥着主导作用，但在医疗服务的供给上却是由民营医疗服务机构发挥着主导作用，例如德国、日本、韩国、加拿大。即使在英国，尽管公立医院占有主导地位，但是在基础医疗的提供上，全科家庭医生却是民营的。我们可以发现，凡是民营医疗服务发挥积极作用的国家，医疗服务效率和质量较高，医疗服务者对病人需要的反应性强；反之凡是公立医疗服务机构占主导的国家，凡是政府直接涉足医疗服务微观管理的地方，效果都不如意。因此，改革政府办医职能是世界各国医改的重要内容，减少政府直接办医是一个世界性的普遍发展趋势。
　　主张政府在直接办医上保持主导地位，往往以医疗卫生的特殊性为理由，认为政府退出办医便意味着主张医疗服务以营利为目的，违反公益性的原则；意味着由市场竞争来主导，而医疗市场竞争本身不完善，竞争的结果造成资源浪费。这种看法实际上暗含了一种非黑即白的简单逻辑推论，意味着我们只能在两个极端之间进行简单选择：政府直接办医、公益性、考虑老百姓需要为一个极端，自由化市场、不完善竞争、以利润为唯一目标、损害病人利益、资源浪费为另一个极端。
　　政府退出直接办医，并不等于将所有医疗机构都变成营利性私立医疗机构。首先，许多公立医院的所有制性质并不发生变化，管办分离后的公立医院在考虑收入的同时，必须同时注重服务质量和病人需要，必须完成社会公益性医疗服务。其次，民营医疗机构并不一定是营利性的，可以并应当是让非营利性医疗机构占重要比例。即使营利性的医疗卫生机构，也不必是我国改革初期阶段的那种民营医院形象。民营一定是劣质的，国营一定是优质的，这种状况曾经在我国许多行业中是普遍现象，然而现实已经发生了很大变化，现在我们可以发现不少相反的情况，例如，国有垄断企业反而不顾消费者利益，保持高额垄断利润。
　　因此，公立医院改革既不应当退回到政府一统天下的老路，也不能简单地放任市场力量。相反，政府的监管作用更需要加强，只是政府管理的手段需要发生重要变化，从直接命令式的管理转化为运用间接管理手段，例如通过政策法令、合同、绩效考核指标、信息等来进行管理。从我国三十多年经济改革的实践来看，凡是政府退出直接插手微观管理的，这个行业就得到显著改善，就能够更好地满足消费者需要，而在政府直接干预仍占主导的行业，则是问题和弊病重重，始终得不到根本解决，医疗和教育就是两个最明显的例子。与其他行业相比，医疗卫生确实有一些特殊性，这意味着我们不能在全能政府与放任市场两级之间做简单的选择，不能非黑即白，而是要分清政府与市场发挥作用的具体领域和具体方式，注意完善政府的宏观监管职能，只有这样才能真正推进我国公立医院改革。